Para 1950, el perfil productivo regional de la provincia de Misiones, se orienta inicialmente hacia la actividad celulósico-papelera y luego hacia la industria de la madera. Debido a esto, en 1960 el Gobierno Provincial crea la Escuela Agrotécnica Eldorado con la finalidad de formar Técnicos con orientación Agropecuaria y Forestal.

Casi simultáneamente, en 1964, se creó el Centro de Estudios del Bosque Subtropical (CEBS), dependiente de la Universidad Nacional de La Plata (UNLP), con sede técnica y administrativa en Eldorado.

La iniciativa de un conjunto de profesionales del CEBS y del sector foresto-industrial, plantéo la necesidad de acompañar al crecimiento del sector forestal con la formación de profesionales forestales, dado el auge en la instalación de industrias de aserrío, extractivos y celulósicas, viveros y plantaciones en la zona.

Esta Casa de Estudios nace el 12 de julio de 1974, según la Resolución Rectoral N⁰ 66 de la recientemente fundada Universidad Nacional de Misiones. El cuerpo docente inicial de la en ese entonces Escuela de Ingeniería Forestal (EIF) se constituyó sobre la base del personal de investigación del CEBS; docentes de la UNLP; INTA; docentes de la UNaM y profesionales de la región que respondieron positivamente a la convocatoria, apoyando la iniciativa. Es así que comenzó sus actividades en una propiedad municipal y en parte de las instalaciones de la Escuela Agrotécnica Eldorado. Es a partir de diciembre 1980, por Decreto Nº 2428/80 del PEN, que se consolida como la Facultad de Ciencias Forestales (FCF) que actualmente la conocemos.

En el año 1975 el Gobierno de la Provincia de Misiones donó a la Facultad un predio con una extensión de 5.343 hectáreas de bosques naturales en el Departamento de Guaraní, “La Reserva de Uso Múltiple Guaraní” (RUMG). Las actividades de investigación que allí se iniciaron, dieron lugar a la creación del Instituto Subtropical de Investigaciones Forestales (ISIF) en el año 1987. En la RUMG, se desarrollan diversos estudios referidos a la dinámica del monte nativo, con el concurso y apoyo formalizado de instituciones extranjeras.

Desde su creación hasta la fecha, la FCF ha crecido en más de un ámbito; en lo académico; en la infraestructura; en la vinculación con el medio; en investigación, entre otros.

Desde el punto de vista de la oferta académica, se cuenta con una serie de carreras de pregrado, grado y posgrado. En la ciudad de Eldorado, funcionan actualmente las carreras de Ingeniería Forestal; Ingeniería en Industria de la Madera; Ingeniería Agronómica y Profesorado Universitario en Ciencias Biológicas; Maestría en Ciencias Forestales; Especialización en Biología de la Conservación y Especialización en Desarrollo Territorial Rural. En la localidad de San Pedro, funciona la Tecnicatura Universitaria Guardaparque y en San Vicente, el Profesorado en Ciencias Agrarias. Próximamente se impartirá nuevamente la Tecnicatura Universitaria en Producción Agropecuaria en San Antonio y Puerto Rico.

Además, se ha logrado la doble titulación con la Universidade Tecnológica Federal do Paraná. (UTFPr) para la carrera de Ingeniería Forestal, como así también en el otorgamiento de un título intermedio como Técnico Universitario en Industria del Aserrío para los estudiantes que tengan aprobado el tercer año de la carrera de Ingeniería en Industria de la Madera. Asimismo se cuenta con la Maestría en Ciencia y Tecnología de los Materiales Fibrosos, que es de doble dependencia con la Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales, en Posadas. Como reflejo de las intenciones de mejora de la oferta académica, se viene trabajando en una propuesta de formación de un Programa de Doctorado.

Dado el aumento en la oferta académica, en el marco del Programa de Expansión Territorial de la Secretaría de Políticas Universitarias (SPU), la FCF actualmente cuentan con 170 docentes y 48 nodocentes.  Así mismo ha habido un incremento de la matrícula de estudiantes, los cuales hoy ronda a los 1800.

En sus 46 años de labor, el crecimiento de la FCF ha sido constante, con numerosas inversiones para la construcción de aulas; laboratorios; invernáculos; gabinetes para docentes; la biblioteca; sala de cómputos; albergues; comedor; sanitarios; radio FM Universidad (98.7); movilidad. Existen proyectos de inversión tanto en el Jardín Botánico “Selva Misionera” o el predio de la Reserva de Uso Múltiple de Guaraní (RUMG) , espacios claves para el vínculo con otras instituciones educativas, actividades prácticas de los estudiantes y proyectos de investigación. Cabe mencionar que la FCF cuenta también con una Escuela de Idiomas, donde se capacita en siete idiomas y es abierta a la comunidad en general. Además de la Biblioteca Regional Eldorado, que cuenta con más de 23.000 ejemplares de libros, revistas, folletos, mapas, entre otros materiales, disponibles para la comunidad educativa.

Como parte de las políticas de vinculación con el medio, la FCF se encuentra participando en diversas Instituciones Públicas y Privadas, como, en el Consejo Regional del INTA, APF (Aglomerado Productivo Forestal); AUDEAS (Asociación Universitaria de Enseñanza Agraria Superior); PTMI (Parque Tecnológico Misiones); AGEDEL (Agencia de Desarrollo Eldorado); Consejo Local del INTA Montecarlo;  FICIENCIAS (Feria Internacional de Ciencias) de Argentina, Brasil y Paraguay; Escuela Agrotécnica Eldorado (EAE); Conferencia Internacional IUFRO (International Union of Forest Research Organizations), entre otros.

Se han realizado convenios con autoridades del Ministerio de Educación, de Ecología y Recursos Naturales, del Agro y la Producción de la Provincia de Misiones, la Legislatura Provincial, el MINCyT, Secretaría de Políticas Universitarias (SPU), Ministerio de Educación y Deportes, y el de Ciencia y Tecnología, del Agro y la Producción de la Nación, el Instituto de Biología Subtropical (IBS) UNaM-CONICET, la Unidad de Cambio Rural (UCAR) del Ministerio del Agro y Producción de la Nación, La Universidad Federal de Paraná, Curitiba, Brasil; La Universidad de Austin, Texas, EEUU; el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Comisión Nacional de Evaluación Universitaria (CONEAU), Municipalidad de Eldorado, San Pedro, San Vicente, entre otros.

Otra forma de vinculación de la FCF con el medio, es a través de los diferentes servicios que se ofrecen desde la misma tanto a instituciones; organismos públicos y privados; empresas y PyMes de la región. Estos servicios son en las siguientes áreas: calidad de aguas, tecnología de la madera, cosecha forestal, protección forestal, propagación vegetativa y banco de semillas.

A sus 46 años, 1180 profesionales se han graduado en sus aulas, y hoy, como en el inicio de su vida institucional, la comunidad educativa de la FCF sigue enseñando y aprendiendo, en un contexto que invita al desarrollo e innovación constante.

Institución Educativa referente por la formación integral de sus actores y la generación permanente de aportes científicos y tecnológicos en el marco de los principios del desarrollo sustentable. Reconocida por su calidad institucional, construida desde la más amplia participación y pluralidad e involucrada con la realidad socio-productiva de la región.